サブスク商品のみ送料無料にすることはできますか？

Shopify設定＞配送と配達＞「配送プロファイル設定」にてサブスクリプション商品のみ送料無料という設定をしていただく事で可能でございます。

ただし、同一の商品ページで通常商品と定期便が選べるようになっているとそのページは同一商品と見なされてしまい定期便の配送プロファイル設定が適用されなくなってしまいますので、定期便のみ送料無料にされる場合は定期便と単品の商品ページを別々にしていただく事をおすすめ致します！