Shopify側の手数料とは別でアプリ手数料がかかるのですか？

ご認識の通りとなります。

定期便の売上に関してはShopifyの手数料とは別に下記Mikawayaの決済手数料が発生いたします。

ライトプラン:月額$12 決済手数料3% スタンダードプラン:月額$49 決済手数料1% プロプラン:月額$499 決済手数料1%

※Shopifyペイメント決済テストモードでしたら決済手数料なしでアプリの操作などをご確認いただけます。