結論からお伝えすると、注文間隔（注文サイクル）が異なると送料が個別で適用される仕様となっております。
【例1】
商品A：注文間隔「1ヶ月ごと」
商品B：注文間隔「2ヶ月ごと」
→送料は2つ分発生
【例1】
商品A：注文間隔「1ヶ月ごと」
商品B：注文間隔「1ヶ月ごと」
→送料は1つ分発生
サブスク専用の配送プロファイルを1つ用意して商品Aと商品Bを紐付けしている場合、送料は個別に設定されず1つ分となります。（ただし注文間隔が異なる場合2つ分発生する）
サブスク専用の配送プロファイルが送料500円の場合、商品Aと商品Bを購入しても1つ分の500円となります。
ストアによって送料設定が異なる場合がありますので、一度実際にカートに追加して挙動をご確認いただけますと幸いです。